Primero habría que precisar si hablamos de ganancias y pérdidas patrimoniales que se integran en la base imponible general o en la base imponible del ahorro, porque solo se pueden compensar las rentas positivas y negativas que se integren en la misma base imponible. En cualquier caso, las pérdidas patrimoniales pendientes de compensar se pueden compensar sin límite alguno con las ganancias patrimoniales que se integren en la misma base imponible.
Es decir, si tengo 1000 de pérdidas por ventas de acciones pendientes de compensar de periodos anteriores y en este ejercicio tengo una ganancia patrimonial de 1000 por vender un piso, puedo compensar los 1000 euros. Y lo mismo sucede con pérdidas y ganancias patrimoniales a integrar en la base imponible general.
El límite del 25% se establece para compensar pérdidas patrimoniales (del propio ejercicio o de ejercicios anteriores) con rentas positivas que se integren en la misma base imponible y que no sean ganancias patrimoniales, y también para compensar rendimientos mobiliarios negativos con ganancias patrimoniales de la base del ahorro (los rendimientos negativos de la base general se compensan sin límite con las ganancias patrimoniales de dicha base).
Así dicho suena lioso, pero en el manual está muy bien explicado con esquemas bastante aclaradores:
sede.agenciatributaria.gob.es/Sede/ayuda...ensacion-rentas.html